《秘密授课》是一部悬疑奇幻校园漫画，讲述普通女高中生楚瑶发现新来的代课老师江澈似乎拥有某种超自然能力——他总能在学生遇到危险前出现，课堂内容精准对应第二天发生的“偶然事件”。楚瑶跟踪调查后发现，江澈来自一个名为“观测者”的组织，他表面在授课，实则在暗中修正即将发生的校园灾难。更惊人的是，楚瑶发现自己竟是“命运扰动体”，她的存在本身就会引发时间线错乱。江澈必须在“消除扰动”和“保护楚瑶”之间做出选择，而每一堂课都是一次拯救与牺牲的博弈。
组织下达最终指令——消除楚瑶以修复时间线。江澈站在讲台上，在黑板上写下“今天讲的是牺牲的意义”。他将所有力量转化为保护罩挡下组织的攻击，对楚瑶说“老师能教你的最后一课，是选择做正确的事，即使代价是自己”。时空震荡中，楚瑶哭着握住了他的手。
楚瑶意外穿越到江澈的过去，亲眼目睹他成为“观测者”的残酷选拔——每一任观测者都要亲手清除一个自己珍视的人。江澈的导师选择自我消除来保护他，这份痛苦让江澈沉默至今。楚瑶从过去回来时，第一次主动拥抱了江澈。
学校礼堂即将发生灯架坠落事件，江澈在课堂上以“物理演示”为由突然改变座位表，把所有人都调离危险区域。坠落的瞬间，楚瑶看到江澈在空中虚抓了一下，那些钢架竟在空中停顿了半秒——他的能力正在透支。
楚瑶暗中调查江澈，发现他每天深夜都在校园各处布置“安全符文”。当他疲惫地靠在走廊角落小憩时，楚瑶悄悄给他披上外套。第二天江澈看到外套愣住，全班爆笑，他难得地脸红了。这是两人心照不宣的“秘密”。
江澈在课堂上突然脸色煞白，扔下粉笔冲出门外，精准救下了被失控货车冲向校门口的学生。全校轰动，只有楚瑶看到他颤抖的手。当晚她堵住江澈问“你到底是谁”，江澈沉默片刻说“我是你明天的天气预报”。
新来的代课老师江澈第一次上课，就在黑板上写下“今天讲的这道题，明天你们一定用得上”。第二天校车果然发生了小剐蹭事故，全班靠着他教的“撞击缓冲姿势”全员无伤。楚瑶看着江澈平静的侧脸，第一次感到这个世界不对劲。